A prépostsági templom kutatástörténete Az egykori koronázótemplom és királyi temetkezőhely iránti tudományos érdeklődés első szakasza épp utolsó, még álló maradványai elbontásának idejére esett. Ekkor jelentek meg az első leírások a romterületről és az ott előkerült tárgyakról. A Hazai Tudósítások 1806. évi száma a templom déli oldalán talált sírkőről adott hírt. 1818-ban és 1827-ben a Tudományos Gyűjtemény írt az egykori épületről. Az utóbbi írás Jankovich Miklós, a neves műgyűjtő beszámolója az általa a XVIII. század végén még látott kápolnákról.

 1848 decemberének első napjaiban kútásás során találtak rá III. Béla és felesége, Antiochiai Anna sírjára. A királyi pár sírja máig az egyetlen, bolygatatlanul előkerült és régészetileg is dokumentált magyar uralkodói temetkezés. Az ásatást Érdy János, a Magyar Nemzeti Múzeum régésze végezte. Henszlmann Imre három ásatással – 1862, 1874, 1882. – az egykori templom jelentős részét feltárta. Az általa közölt alaprajz és megfigyelései máig alapvető fontosságúak a templom építéstörténetének feldolgozásában. Az épület fő alaprajzi sajátosságai és átépítési korszakai az ő munkássága nyomán váltak ismertté. Kutatásai a legtöbb bizonytalanságot a templom nyugati részén hagyták.

A XIX. századi ásatások után a visszatemetett romokat 1936-ban bontották ki újra, és 1938-ra, Szent István halálának 900. évfordulójára elkészült a főhajót és az északi mellékhajót bemutató romkert. A korábbi feltárásokhoz képest a templom építéstörténetére vonatkozó, jelentős újdonságot nem eredményezett az újabb kutatás, a kőfaragványok katalogizálása és kiállítása a romok melletti kőtárban a nagyközönség és a templom történetével foglalkozó tudományágak számára egyaránt nyereség volt. Kralovánszky Alán 1965-től, a prépostsági templom déli, második Árpád-kori kápolnájának felfedezésétől 1993-ban bekövetkezett haláláig az épület csaknem egészét újra feltárta. A XX. század második felének a korábbiaknál alaposabb ásatási módszerével kutatásai jelentős eredményekhez vezettek.

A templom nyugati részének több építéstörténeti kérdése tisztázódott. A templombelsőben alapvető fontosságú volt a szentély részletes dokumentálása. tevékenységéhez fűződik Szent István és Szent Imre sírjának meghatározása. Az 1990-es évek második felétől a régészeti ásatásokat Biczó Piroska vezeti. Az 1998-99. évi járdafödém építkezésekhez kapcsolódóan a templom déli oldalán előkerült az Árpád-kori kerengőfolyosó, megszűnte után a keleti végében emelt Anjou-sírkápolna azonosítását kőfaragványok tették lehetővé. Kisebb feltárások folytak még a nyugati építmény területén és a templombelsőben. Az 1990-es évek közepén Mentényi Klára vezetésével megkezdődött a kőfaragványok teljes katalogizálása és tudományos feldolgozása.


Az 1960-as évek közepétől végzett kutatások:
      A prépostsági templom nyugati homlokzata és nyugati építménye
      A nyugati toronypár
      A templombelső
      A szentély lizénái
      A boltozatok külső támrendszere
      A templom déli oldala
      A kevésbé kutatott részek